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Durante la época romana, y concretamente a partir del segundo tramo de la tercera generación, Ayla se convirtió en sede episcopal y centro importante, y sus obispos participaban en muchos concilios eclesiásticos, lo que es prueba de la existencia de una antigua comunidad cristiana en la ciudad de Ayla. Expertos de la Universidad de Carolina del Norte encontraron recientemente una iglesia que se cree que es la más antigua del mundo. Está construida con ladrillos de barro sobre cimientos rocosos. Sugirieron que la construcción de la iglesia se remonta a finales del siglo III o principios del IV d.C. También se encontró un cementerio adyacente a la iglesia que data de la misma época que la iglesia.
Aqaba está situada en el extremo sur de Jordania con vistas al Mar Rojo, y se consideraba un centro de gran importancia para las caravanas que llegaban por mar y tierra, con una gran importancia comercial, ya que era el enlace entre Siria y Palestina, por un lado, y entre los mercaderes de la Península Arábiga y los países del Lejano Oriente, por otro. Por lo tanto, siempre fue codiciada por los reyes de Jerusalén desde la época de Salomón y los reyes de los edomitas y los nabateos. Actualmente, Áqaba recupera su importancia como único puerto jordano en el Mar Rojo.
Cuando los romanos destruyeron y sometieron el reino de los nabateos, se instalaron en el décimo batallón (Batallón Furtansis). Durante el reinado de Trajano, construyeron un camino terrestre que conectaba Ayla con Bosra al-Sham, la capital de la provincia árabe. Desde la segunda parte de la tercera generación, Ayla se convirtió en sede episcopal y centro principal. Su obispo, Pedro, asistió al Concilio de Nicea (325 d.C.), su obispo Barilos asistió al Concilio de Calcedonia (451 d.C.) y otro obispo llamado Pedro también asistió al Concilio de Jerusalén (536 d.C.).
Se encontraron rollos de papiro en el sitio de Nisana en el Néguev, incluida una carta que data de la primera mitad de la sexta generación dirigida por Moisés, obispo de Ayla, a un hombre llamado Victor Bin Sergius. Donde se dice: “De Moisés, por la gracia de Dios, arzobispo metropolitano de Ayla, a Victor Ben Sergius. Le envío la presente ofrenda que este beduino le trae como donación para la Iglesia de San Sergio en Nisana y la Iglesia de San Sergio en Alusa. Fdo. el obispo, Moisés bin Sergius".
Es de destacar que el arquitecto de la Iglesia de Santa Catalina en el Sinaí fue uno de los hijos de la Iglesia de Ayla. En uno de los puentes de madera de la basílica, escribió en griego: “Oh Jehová, que habitas en este lugar, salva y ten piedad del arquitecto de Ayla, tu siervo Esteban, hijo de Martinos, hijo de Nona, concede tu descanso eterno a las almas de sus hijos, Georgios, Sergio y Teodora".
La ciudad romana de Ayla fue descubierta por un equipo de investigadores de la Universidad de Carolina del Norte, dirigido por el difunto arqueólogo profesor Thomas Parker. Después de las investigaciones y excavaciones, se encontraron restos de la ciudad que datan del siglo I a.C. Los materiales descubiertos incluyen partes de las murallas que rodeaban la ciudad e innumerables piezas de cerámica, moneda y otros. Se descubrieron las ruinas de la ciudad de Ayla, mencionada en el primer libro de Reyes de la Biblia.
En 1998, los científicos también encontraron una iglesia que data de finales del siglo III o principios del siglo IV d.C. (la primera fase de su construcción data de los años 293-303 d.C.), y estaba construida con ladrillos de barro sobre cimientos rocosos. Esta iglesia es considerada la iglesia cristiana más antigua del mundo que se construyó con este fin, es decir, es la edificación cristiana más antigua dedicada al culto, ya que sus antecesores fueron edificios reconvertidos de otros usos o civilizaciones, lo que la hace un poco más antigua que la Iglesia de la Resurrección en Jerusalén y la Iglesia de la Natividad en Belén, que se remontan al siglo IV d.C. (entre el 320 d.C.). Por lo tanto, se ha refutado la percepción predominante entre los historiadores de que las iglesias más antiguas de Jordania datan de finales del siglo IV d.C.
La historia no menciona cómo terminó la ciudad de Ayla y cuándo nació Áqaba. Los terremotos pueden ser la razón principal, como es el caso de muchas ciudades, y ciertamente existe una relación, complementariedad y comunicación entre "Ayla" y "Áqaba", y los restos de la iglesia, que lleva el nombre de los Santos Teodoro y Longino, asi lo indican.