La Chiesa della Decollazione di Giovanni Battista si trova nel monastero latino di Madaba. La chiesa fu edificata nella zona collinare dove sorgeva un antico castello la cui costruzione risale alle antiche epoche e civiltà che hanno attraversato questo luogo, dalla civiltà moabita a quella romana e infine quella bizantina. Quando gruppi di Cristiani arrivarono a Madaba nel 1880, vi trovarono solo un rovine e pietre ammucchiate l'una sull'altra. Iniziarono a costruire lì delle case e costruirono anche una chiesa che fu chiamata Chiesa della Decollazione di Giovanni Battista per la sua vicinanza al castello di Mukawir, il luogo dove Giovanni Battista fu decapitato.
La zona collinare di Madaba è considerata una delle aree archeologiche più antiche di Madaba, essa era infatti il centro della città vecchia. Su questo colle sorgeva un'antica roccaforte (Acropoli) la cui costruzione risale alle antiche epoche e civiltà che hanno attraversato questo luogo, dalla civiltà moabita a quella romana e infine bizantina, prima che la città fosse colpita, nel 746 d.C., da un forte terremoto che la ridusse in macerie.
Quando nel 1880, un gruppo di cristiani, guidato dal sacerdote italiano Alessandro Macanio, arrivò a Khirbet Madaba, trovò solo dei cumuli di pietre ammucchiate l'una sull'altra. I sacerdoti lavorarono sodo per permettere ai cristiani di stabilirsi a Madaba. A loro volta, questi iniziarono a costruire case e chiese per riportare in vita la città distrutta e spopolata.
La prima chiesa fu costruita nel 1883, durante il mandato del sacerdote italiano Paolo Bandoli, un modesto edificio fatto di pietre e fango. Poi, nel 1892, il sacerdote italiano Giuseppe Manfredi costruì una chiesa più moderna composta da due stanze. In seguito, nel 1913, il sacerdote riuscì a ottenere una delibera per costruire la chiesa odierna che, per la sua peculiare architettura, è considerata un’opera d’arte unica nel suo genere.
La chiesa fu costruita sull'antico colle della città e oggi, visitandola, è possibile visitare anche l’antica chiesa che fu chiamata Chiesa della Decollazione di Giovanni Battista, per la sua vicinanza castello di Mukawir, il luogo dove Giovanni Battista fu decapitato. Scendendo le scale che portano al seminterrato della chiesa, è possibile vedere i ruderi dell'antica roccaforte bizantina che fanno da base alla costruzione del monastero e della chiesa. Tra gli archi e le colonne, grazie a degli scavi, sono stati rinvenuti una sezione di un mosaico bianco, i resti di un acquedotto, un pavimento in pietre lisce e piastrelle e parti di antiche illustrazioni della roccaforte.
Questo luogo è ricco di resti archeologici ancora sepolti, che richiedono la presenza di esperti e missioni archeologiche, affinché vengano riportate alla luce con metodi moderni, senza compromettere la struttura antica della chiesa e del monastero.