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La Bible raconte que les gens avaient l’habitude de voyager de Jérusalem, de Judée et des pays voisins vers la Jordanie pour se faire baptiser par Jean-Baptiste : « En ces jours-là, Jésus vint de Nazareth, ville de Galilée, et il fut baptisé par Jean dans le Jourdain. » L’Evangile de Marc (1:9). Jésus quitta Nazareth, se rendit à Scythopolis (Bissan) et passa la nuit près de Tabaqat Fahil (Pella). Le matin de son voyage, il se rendit à la rive est du Jourdain, arriva à Béthanie au-delà du Jourdain et se rendit chez Jean pour se faire baptiser. Mais Jean essaya de l’en dissuader en disant : « C’est moi qui ai besoin d’être baptisé par toi, et c’est toi qui viens à moi ! » Jésus répondit : « Laisse faire pour le moment, car il convient que nous accomplissions ainsi toute justice. » Alors Jean le laissa faire. L’évangile de Matthieu (3, 14-15). L’évangélique Jean affirme le lieu où ces événements ont eu lieu : « Cela s’est passé à Béthanie, de l’autre côté du Jourdain, à l’endroit où Jean baptisait. » L’évangile de Jean (1:28).
Le Jourdain est mentionné à plusieurs reprises dans la Bible. Le mot « Jourdain » signifie la pente où le Jourdain coule dans la vallée la plus profonde sur la terre. L’Ancien Testament mentionne que Josué conduisit le peuple et traversa le Jourdain en face de Jéricho. À l’époque de la révolte d'Absalom, David prit la fuite en direction de Mahanaïm en traversant le Jourdain. Les Prophète Élie et Élisée le traversèrent également. Élisée demanda à Naaman de Syrie de se laver dans les eaux du Jourdain sept fois pour qu’il guérisse.
Dans le Nouveau Testament, Jean-Baptiste apparut sur les rives du Jourdain, les gens vinrent de Jérusalem, de toute la Judée et de partout afin de se faire baptiser par lui dans le Jourdain pour le pardon de leurs péchés. L’évangélique Marc affirme que Jésus fut baptisé par Jean-Baptiste dans le Jourdain. En y sortant, il entendit une voix du ciel lui disant : « Tu es mon Fils bien-aimé ; en toi, je trouve ma joie. »
La tradition héritée des temps anciens et les histoires de la Bible indiquent que Jean a baptisé Jésus sur la rive orientale du Jourdain, au point de rencontre de la route romaine du fleuve. On croit que ce même point est l’endroit où les Israéliens ont traversé le fleuve parce qu’il y a un lien spirituel entre cette traversée et le baptême du Christ en Jordanie. Les gens appellent encore ce site le « site du baptême de Jésus-Christ (Al Maghtas). »
À la fin du Ve siècle, l’empereur Anastase Ier (490-518) a voulu commémorer le baptême du Christ en Jordanie. Il a construit une église sur la rive orientale. Elle était équipée d’un escalier la reliant à l’eau du fleuve pour donner accès aux pèlerins qui descendaient parfois se baigner dans le fleuve. Il a érigé un poteau surmonté d’une croix au milieu du fleuve. L’empereur Justinien I l’a également restaurée (527-565).
Du côté oriental du fleuve se trouvait un ruisseau de 3 kilomètres de long qui passait par les collines avant de revenir se déverser dans le fleuve d’où il émergeait. Près de ce ruisseau, la carte en mosaïque de la ville de Madaba dépeint un cercle d’où coule l’eau, représentant le monastère fondé à la Vallée Gerar en 500 après J.-C., mémorisant l’Assomption des Prophètes Élie et Jean-Baptiste. Ce même endroit est considéré comme Béthanie au-delà du Jourdain.
Le défunt père Michel Piccrello, archéologue et spécialiste en mosaïque franciscain, a pu trouver les vestiges des monastères en 1995, près de la source de la Vallée Gerar, située sur la route principale du pèlerinage reliant la Palestine à la Jordanie.
La dune du prophète Élie, ou Mar Elias
Selon la tradition, ce site est connu depuis toujours comme le lieu d’où le prophète Élie est monté au ciel. Élie était l’un des prophètes les plus connus de l’Ancien Testament. Il fut envoyé par Dieu, sous le roi Achab d’Israël, aux gens pour les dissuader du paganisme. Achab et son épouse persécutèrent le prophète Élie. Quand Élie grandit, Dieu l’inspira d’aller vivre dans l’endroit connu aujourd’hui sous le nom de « Jordanie ». Quand il arriva avec Élisée au Jourdain, Élie frappa le fleuve avec sa robe, puis traversa les terres sèches. Tandis qu’ils parlaient de l’autre côté du fleuve, un char de feu vint et emporta Élie au ciel. Le Deuxième Livre des Rois (2:1).
Marie l'Égyptienne
La région d’Al Maghtas (lieu du baptême de Jésus-Christ) est associée à une célèbre tradition concernant la vie de la Sainte Marie l'Égyptienne. Elle vivait dans le péché lors de sa jeunesse dans la ville d’Alexandrie. Au cours d’une visite à Jérusalem, Marie choisit de se repentir et de s’éloigner des péchés de sa vie passée. Elle se tourna vers l’adoration, jusqu’à ce qu’un jour, pendant qu’elle faisait sa prière à la Vierge Marie, elle entendit une voix lui disant : « Traversez le Jourdain et vous trouverez la paix. », elle le fit. Elle traversa le Jourdain vers la rive orientale et y a vécu 47 ans en ermite. Elle passa ces années en priant et en jeûnant dans le désert du Jourdain pour rester près de Dieu. Avant sa mort, elle rencontra un moine d’un monastère voisin nommé Saint Zosime, qui lui donna la Communion.