Le sanctuaire de la décapitation de Jean-Baptiste est situé dans le monastère latin de Madaba. L’église est construite sur la colline, où se trouvait une ancienne forteresse dont la construction remonte aux époques et civilisations anciennes qui ont traversé le lieu : la civilisation Moabite, Romaine et Byzantine. Des clans chrétiens sont arrivés à Madaba en 1880. La ville n’était que des ruines de pierres empilées les unes sur les autres. Ils ont commencé à construire des maisons et une église appelée l’église de la décapitation de Jean-Baptiste, près de l’endroit où Jean-Baptiste a été décapité, dans la forteresse de Machéronte (Mekawer).
La colline de Madaba est l’une des plus anciennes zones archéologiques de Madaba. Elle représente le centre de la vieille ville. Au sommet de cette colline se trouvait une ancienne citadelle (Acropole) dont la construction remonte aux civilisations anciennes qui ont traversé le lieu : la civilisation Moabite, Romaine et Byzantine. Un grand tremblement de terre a frappé la ville en 746, la réduisant en pierres.
À l’arrivée des clans chrétiens en 1880, accompagnés du prêtre italien Alexandre Makanyu, à Khirbet Al-Mukhayyat, la ville n’était que des ruines de pierres empilées les unes sur les autres. Les prêtres se sont alors efforcés de stabiliser les clans chrétiens à Madaba. Ces clans, à leur tour, ont commencé à construire leurs maisons et églises. La vie a repris dans la ville après sa destruction.
La première église a été construite à l’époque du prêtre italien Paulo (Paul) Pandoli en 1883, un modeste bâtiment fait de pierres et de boue. En 1892, le prêtre italien Josini (Joseph) Manfredi a construit une église plus moderne composée de deux salles. Il a fini par obtenir un firman (un décret royal émis par un souverain de l'Empire ottoman) pour construire l’église actuelle en 1913. Cette église est considérée comme un chef-d’œuvre unique grâce à son architecture distinguée.
L’église a été construite sur l’ancienne colline de la ville. On peut aujourd’hui la visiter. Elle s’appelle l’église de la décapitation de Jean-Baptiste par rapport à sa proximité avec l’endroit où Jean-Baptiste a été décapité, dans la forteresse de Machéronte (Mekawer). Quand le visiteur descend les escaliers qui mènent à l’église, il peut voir les traces de l’ancienne citadelle byzantine, qui a servi de base à la construction du monastère et de l’église. Cette dernière est composée de piliers et d’arches. Les fouilles dans cette zone ont dévoilé un petit morceau de mosaïque blanche, un canal d’eau, un plancher de pierres carrelées et lisses et des parties d’images de l’ancienne citadelle.
L’endroit est riche en vestiges enfouis sous terre, qui n’ont pas encore été découverts. On a besoin de spécialistes et de missions de fouilles scientifiques pour les explorer avec des méthodes scientifiques modernes, afin d’assurer la sécurité de la construction de l’ancienne église et du monastère.