بنى هذه القلعة الإسكندر جانيوس حوالي 90 سنة قبل الميلاد، وأصبحت حصنًا منيعًا لصدّ غزوات الأنباط. والإسكندر جانيوس هو من سلالة الحشمونيين المعروفين بالكتاب المقدّس بالمكابيين. وقد استعاد أخاه ارسطوبولس الكثير من المدن والأراضي التي كانت لإسرائيل في عدد من الغزوات والحروب، ففد احتل شواطئ البحر الأبيض المتوسط من حيفا والكرمل وحتى غزة وجنوب فلسطين إلى الحدود مع مصر. 

يُشرف موقع القلعة على كلّ ما حوله، فيمكن مشاهدة القلعتين اللتين بناهما هيرودس الكبير: الأولى على جبل الفيريديس - إلى الجنوب من بيت لحم، والثانية على جبل الاسكندرييوم الواقع إلى الشمال من أريحا.

وأصبحت قلعة مكاور مركزًا لمقاومة الحشمونيين من الحكم الروماني، فاستولى عليها الرومان سنة 57 قبل الميلاد ودمّروها. إلا أن هيرودس الكبير قد أعاد بناءها لتكون قلعة حصينة وقصرًا للراحة والاستجمام. وقد سجن هيرودس في هذه القلعة يوحنا المعمدان بحسب المؤرخ يوسيفوس.

أجرت دائرة الآثار حفريات جزئيّة في الكنيسة البيزنطيّة عند بداية الطريق التي تصل إلى القلعة، وقد عُثر فيها على حجّة الإهداء الفسيفسائيّة التي لحق بها ضرر، وما تبقى من الكتابة يبيّن أن هذه القطعة الفسيسفسائيّة تعود إلى سنة 602-603 ميلادي، وهنالك آثار لكنيستين اخريين.

وقام الآباء الفرنسيسكان، بالاشتراك مع دائرة الآثار العامّة، بعمليات حفر وتنقيب في قلعة مكاور، وقد عثر على أقدم قطعة فسيفسائيّة في الأردن، وتعود إلى أواخر القرن الأول قبل المسيح، أي إلى تاريخ بناء القلعة.

في الليالي الصافيّة، يمكن بسهولة رؤية أنوار القدس وأريحا، ولكون هذا الموقع بعيدًا عن المناطق الحضريّة، فإن هدوءه ينقل الزائر إلى أجواء الأزمنة الكتابيّة. وفي الواقع، لا يزال الرعاة يجدون لهم ولقطعانهم مأوى في الكهوف والمغاور المنتشرة بكثرة حول مكاور. وإذا انحدر المرء إلى مكاور باتجاه البحر الميت شعر بأنّه يقف على قمة الكون.